Das erst 1973 gegründete Museum befindet sich in dem als „Old Government House“ bekannten historischen Gebäude in der Altstadt von Thessaloniki. Die Sammlung umfasst mehr als 15000 Exponate und ist ein Spiegel der Kultur Mazedonien-Thrakiens.
Die 2004 gelieferten und montierten Großvitrinen verfügen über eine aktive Teilklimatisierung, die den extremen klimatischen Bedingungen der Mittelmeerregion Rechnung trägt.